情報解析 | 先端ゲノミクス推進センター

AGC情報解析 | 先端ゲノミクス推進センター

情報解析

NGSが産出する膨大な情報から新規知識発見ができるようバイオインフォマティクス技術を駆使した解析を実施します。研究コンサルティングを通して、シーケンシング技術と一体化し、課題に適した解析技術を提供します。また、お手持ちのデータに対する情報解析も受け付けています。

【計算機室】

■総CPUコア数:1,318 cores
■総ストレージ容量:2.7PB

解析に使用する計算機群は入室制限区域内に設置しており、個人ゲノム・メタゲノム解析等に必要とされる高度なセキュリティ対策を実施しています。
また、遺伝研スーパーコンピュータシステムを駆使することで、より大規模な解析にもスケーラブルに対応可能です。
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja

【遺伝研で開発・運用している各種解析ソフトウェア、データベース】

DFAST (https://dfast.nig.ac.jp)
微生物ゲノムの遺伝子アノテーションおよびDDBJ登録支援ツール。
MetaGeneAnnotator
(http://metagene.nig.ac.jp)
細菌のゲノム・メタゲノムデータから高速かつ高精度に遺伝子領域を予測するツール。
VITCOMIC2 (http://vitcomic.org)
アンプリコンメタゲノムデータおよびショットガンメタゲノムデータから高速かつ高精度に細菌群集の系統組成を推定するツール。
LEA (http://leamicrobe.jp)
「環境」から微生物を検索し、微生物から「環境」を予測するウェブツール。
MicrobeDB.jp (https://microbedb.jp/)
ゲノム情報を核として遺伝子・系統・環境等の微生物学に関する多様なデータを統合したデータベース。メタゲノム解析パイプラインを装備し、データ解析から公共DBに収録されている160万サンプルとの比較メタゲノム解析をも可能としている。