NGSが産出する膨大な情報から新規知識発見ができるようバイオインフォマティクス技術を駆使した解析を実施します。研究コンサルティングを通して、シーケンシング技術と一体化し、課題に適した解析技術を提供します。また、お手持ちのデータに対する情報解析も受け付けています。
【計算機室】
■総CPUコア数：1,318 cores
■総ストレージ容量：2.7PB
解析に使用する計算機群は入室制限区域内に設置しており、個人ゲノム・メタゲノム解析等に必要とされる高度なセキュリティ対策を実施しています。
また、遺伝研スーパーコンピュータシステムを駆使することで、より大規模な解析にもスケーラブルに対応可能です。
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja
【遺伝研で開発・運用している各種解析ソフトウェア、データベース】
LEA
(http://leamicrobe.jp)数万の微生物群集構造データを使用した機械学習により「環境」の概念を自動的に抽出し、「環境」概念と数万サンプルを同時に可視化、環境間のつながりや構造のパターンを明らかにした。過去数万サンプルすべてとの比較により、新規サンプルの「座標」を取得できる「微生物版GPS」。環境汚染の検出、疾患診断などに利用可能。
Microbiome Datahub
(https://mdatahub.org)メタゲノム配列から再構築したゲノムであるMAGデータ (Metagenome Assembled Genome)を集めて整理したマイクロバイオームの統合データベース。約21万種類のMAGデータと由来したメタゲノムプロジェクトのメタデータ等が整理されており、検索やダウンロードが可能である。
